胜肽片段排序 先將蛋白質以非胰蛋白酶之另一種蛋白酶或化學試劑加以切割(如溴化氰CNBr僅會切割甲硫胺酸羧基端之肽鍵),以此第二種方法得到之胜肽片段也如同前述加以定序及分離。 兩種方法得到之胜肽片段均完成定序之後,將兩者加 以比對,從中找到連續性且互相重疊之序列(圖3- 27)。重疊序列的出現有助於我們瞭解胜肽片段的正確排列順序。如果胺基端殘基在蛋白切割前就已得知,則能協助我們判斷胺基端片段序列為何。進行兩種方法也有助於排除個別定序上的可能錯誤,如果第二種方法完全無法獲得任何與第一種方法具連續性重疊的序列,則必須嘗試第三、甚至第四種切割方法,以獲得必要的重疊序列。 圖3-27 顯示切割蛋白質、定序及胜肽片段排序。首先決定出蛋白質樣品之胺基酸組成及其胺基端殘基。緊接著將可能有的雙硫鍵還原,以使定序有效進行。在此例中,蛋白質分子僅有兩個半胱胺酸殘基,因此只有一對可能之雙硫鍵形成位置。當多胜肽含有三個或以上的半胱胺酸殘基時,則必須考慮更多可能之組合方式產生雙硫鍵之位置。 圖 3-27 切割蛋白質、定序及胜肽片段排序。
蛋白質與親和基的接合多經由非共價作用力,因此接合為一可逆的過程每個蛋白質與同一種親和基的接合可發生在分子內的一個或多個部位 - 如發生在多個部位時,與同一種親和基接合的能力可能相同或不同,因此產生了接合的協同性,此種關係稱為同質性效應,如血紅素與O2的接合 一個蛋白質分子內也可有不同種類的親和基接合部位- 不同親和基的接合部位在親和基接合時,會有相互溝通(cross-talk)的特性,此種關係稱為異質性 效應,如血紅素與O2的接合受2,3-BPG及波爾效應的影響3.
人類PrP蛋白單體(左)與雙聚體(右)形式 1. 肌紅蛋白與血紅素肌紅蛋白(myoglobin, Mb)- 肌紅蛋白負責肌肉細胞內O2的輸送與儲存,屬功能性蛋白質,含153個胺基酸與血基質* 肌紅蛋白的結構* 由X光晶體繞射的結果研判得知,整個肌紅蛋白分子為球狀,摺疊十分緊密,其中75%為α-螺旋構造,血基質約位於蛋白分子的中心並以所含的Fe+2與O2接合進行輸送及儲存O2 - Kendrew因解出結構的貢獻而獲得1962年諾貝爾化學獎 血紅素(hemoglobin, Hb)- 血紅素在肺與組織細胞間擔任O2的輸送*血紅素具有四級構造*,由兩個α次單元與兩個 β次單元構成一個四面體的立體排列,組成的α次單元 (含有141個胺基酸)與β次單元(含有146個胺基酸)的分子中心,分別含有血基質可與O2接合 - Perutz因解出構造而與Kendrew同獲諾貝爾獎-
蛋白質的功用麩醯胺酸壁細胞,免疫細胞的能量來源,在重症患者中的需求增加,因此在重症患者的營養品中常會添加,戒者額外自費購買麩醯胺酸粉 重症病患要丌要補充,精氨酸在醫界還是有爭議 蛋白質的功用蛋白質的功用 紅肉,白肉怎麼分 紅肉攝取量和大腸癌、心血管疾病、腦血管疾病、高血壓等發生風險為正向相關 有趣的是台灣最近的研究發現紅肉攝取量和總死亡率,心血管疾病死亡率,癌症死亡率
進一步抽取基因體 DNA 後,再根據 Sandström et al. (2001) 報告中所設計之universal 16S rDNA 引子對,10F:5’-AGTTTGATCATGGCTCAGATTG-3’、 1507R:5’- TACCTTGTTACGACTTCACCCCAG-3’ 進 行 增 幅,PCR 條 件 為 10X enzyme buffer, 250 µM dNTP, 250 nM primer pairs, 100 ng DNA, 0.25U Taq DNA polymerase (Dream Taq, Thermo Fisher Scientific Inc.),PCR 條件修改為 95° C, 5 mins, 35 cycles of 95° C, 30 s; 60° C, 30 s; 72° C, 1 min 30 s; 72° C, 10 mins 與最後冷卻至 4° C。 DNA gyrase subunit B (gyrB) 基因引子對,則是參考 Yamamoto et al. (1995) 設計 UP-1/Up-2R 引子對及定序使用 UP-1S:5’-GAAGTCATCATGACCGTTCTGCA-3’、 UP-2Sr:5’-AGCAGGGTACGGATGTGCGAGCC-3’, 其 PCR 條件為如上述,PCR 條件則根據文獻設定為 95° C, 5 mins, 35 cycles of 95° C, 30 s; 60° C, 1 min; 72° C, 2 mins; 72°C, 10 mins 與機器最後冷卻至4°C。將PCR 產物進行gel elution 套組回收後,所得 PCR 產物送交源資國際生物股份有限公司 (Tri-I biotech Inc. Taichung, Taiwan)進行定序, 解序結果以美國生物技術資訊中心 (National Center for Biotechnology Information, NCBI) 網站所登錄基因資料庫進行比對。 二、三合一微生物肥料之調製MLBV19-3 胺基酸菌株經由本場測試出最適化發酵條件與配方後,委外生產高濃度之菌粉,並調製適合蔬果類作物生長之特殊胺基酸配方及混合化學肥料( 由產學合作廠商: 臺灣肥料股份有限公司生產提供),開發成兩種產品:(1) 生長肥 (AG) 成分為氮:29%、磷:9.5%、鉀:6.5%,供前期營養生長期使用;(2) 結果肥 (AF) 成分為氮: 3.5%、磷:8.5%、鉀:19%,供後期開花結果期使用,生產樣品各 100 公斤提供後續作物田試驗所用 ( 內含 MLBV19-3 芽孢桿菌菌數為 1 × 108 CFU/g)。三、三合一微生物肥料於青椒與胡瓜先期測試試驗田土壤性質分析如 ( 表一 ),定植前施用燕子牌十全基肥有機質肥料 ( 臺益工業股份有限公司,氮:3.8%、磷:2.8%、鉀:3.5%、有機質:72%),依據每公頃推薦用量:12,000 公斤;試驗採單因子,完全逢機區集設計 (RCBD),A 處理:三合一微生物肥料稀釋 500 倍、B 處理:三合一微生物肥料稀釋 1,000 倍、C 處理:三合一微生物肥料稀釋 2,000 倍、D 處理:化學肥料稀釋 1,000 倍之對照組 (CK1)、 E 處理:施用水之對照組 (CK2) 等 5 處理、共 4 重複,每重複共 10 株;生長期每 2 周使用生長肥 (AG)1 次共 3 次,開花期後即每 2 周使用結果肥 (AF) 1 次同樣共 3 次,